समाचार

विगत एक दशकमा, जीन अनुक्रमण प्रविधि क्यान्सर अनुसन्धान र क्लिनिकल अभ्यासमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ, जुन क्यान्सरको आणविक विशेषताहरू प्रकट गर्ने एक महत्त्वपूर्ण उपकरण बनेको छ। आणविक निदान र लक्षित थेरापीमा भएको प्रगतिले ट्युमर सटीक थेरापी अवधारणाहरूको विकासलाई बढावा दिएको छ र ट्युमर निदान र उपचारको सम्पूर्ण क्षेत्रमा ठूलो परिवर्तन ल्याएको छ। आनुवंशिक परीक्षण क्यान्सर जोखिमलाई चेतावनी दिन, उपचार निर्णयहरूलाई मार्गदर्शन गर्न र रोगको निदान मूल्याङ्कन गर्न प्रयोग गर्न सकिन्छ, र बिरामीको क्लिनिकल परिणामहरू सुधार गर्न यो एक महत्त्वपूर्ण उपकरण हो। यहाँ, हामी क्यान्सर निदान र उपचारमा आनुवंशिक परीक्षणको प्रयोगको समीक्षा गर्न CA क्यान्सर जे क्लिन, जेसीओ, एन ओन्कोल र अन्य जर्नलहरूमा प्रकाशित हालैका लेखहरूको सारांश दिन्छौं।

सोमाटिक उत्परिवर्तन र जर्मलाइन उत्परिवर्तन। सामान्यतया, क्यान्सर डीएनए उत्परिवर्तनबाट हुन्छ जुन आमाबाबुबाट वंशाणुगत रूपमा प्राप्त हुन सक्छ (जर्मलाइन उत्परिवर्तन) वा उमेरसँगै प्राप्त हुन सक्छ (जर्मलाइन उत्परिवर्तन)। जर्मलाइन उत्परिवर्तन जन्मदेखि नै उपस्थित हुन्छ, र उत्परिवर्तकले सामान्यतया शरीरको प्रत्येक कोषको डीएनएमा उत्परिवर्तन बोक्छ र सन्तानमा सर्न सक्छ। सोमाटिक उत्परिवर्तनहरू गैर-गेमेटिक कोषहरूमा व्यक्तिहरूद्वारा प्राप्त गरिन्छ र सामान्यतया सन्तानमा सर्न सक्दैनन्। जर्मलाइन र सोमाटिक उत्परिवर्तन दुवैले कोषहरूको सामान्य कार्यात्मक गतिविधिलाई नष्ट गर्न सक्छ र कोषहरूको घातक रूपान्तरण निम्त्याउन सक्छ। सोमाटिक उत्परिवर्तनहरू घातकताको एक प्रमुख चालक हुन् र ओन्कोलोजीमा सबैभन्दा भविष्यवाणी गर्ने बायोमार्कर हुन्; यद्यपि, लगभग १० देखि २० प्रतिशत ट्यूमर बिरामीहरूमा जर्मलाइन उत्परिवर्तनहरू हुन्छन् जसले उनीहरूको क्यान्सर जोखिमलाई उल्लेखनीय रूपमा बढाउँछ, र यी मध्ये केही उत्परिवर्तनहरू पनि उपचारात्मक हुन्छन्।
चालक उत्परिवर्तन र यात्रु उत्परिवर्तन। सबै डीएनए भेरियन्टहरूले कोशिकाको कार्यलाई असर गर्दैनन्; औसतमा, सामान्य कोशिकाको पतनलाई ट्रिगर गर्न "चालक उत्परिवर्तन" भनेर चिनिने पाँच देखि दस जीनोमिक घटनाहरू लाग्छन्। चालक उत्परिवर्तनहरू प्रायः कोशिकाको जीवन गतिविधिहरूसँग नजिकबाट सम्बन्धित जीनहरूमा हुन्छन्, जस्तै कोशिकाको वृद्धि नियमन, डीएनए मर्मत, कोशिका चक्र नियन्त्रण र अन्य जीवन प्रक्रियाहरूमा संलग्न जीनहरू, र उपचारात्मक लक्ष्यको रूपमा प्रयोग गर्ने सम्भावना हुन्छ। यद्यपि, कुनै पनि क्यान्सरमा उत्परिवर्तनको कुल संख्या धेरै ठूलो हुन्छ, केही स्तन क्यान्सरहरूमा केही हजारदेखि केही अत्यधिक परिवर्तनशील कोलोरेक्टल र एन्डोमेट्रियल क्यान्सरहरूमा १००,००० भन्दा बढीसम्म। धेरैजसो उत्परिवर्तनहरूको कुनै वा सीमित जैविक महत्त्व हुँदैन, उत्परिवर्तन कोडिङ क्षेत्रमा भए पनि, यस्ता नगण्य उत्परिवर्तन घटनाहरूलाई "यात्रु उत्परिवर्तन" भनिन्छ। यदि कुनै विशेष ट्युमर प्रकारको जीन भेरियन्टले उपचारको लागि यसको प्रतिक्रिया वा प्रतिरोधको भविष्यवाणी गर्छ भने, भेरियन्टलाई क्लिनिकली सञ्चालनयोग्य मानिन्छ।
ओन्कोजीन र ट्यूमर सप्रेसर जीन। क्यान्सरमा बारम्बार उत्परिवर्तित हुने जीनहरूलाई मोटामोटी रूपमा दुई वर्गमा विभाजन गर्न सकिन्छ, ओन्कोजीन र ट्यूमर सप्रेसर जीन। सामान्य कोषहरूमा, ओन्कोजीनहरूद्वारा एन्कोड गरिएको प्रोटीनले मुख्यतया कोष प्रसारलाई बढावा दिने र कोष एपोप्टोसिसलाई रोक्ने भूमिका खेल्छ, जबकि ओन्कोसप्रेसर जीनहरूद्वारा एन्कोड गरिएको प्रोटीन मुख्यतया सामान्य कोष कार्य कायम राख्न कोष विभाजनलाई नकारात्मक रूपमा नियमन गर्न जिम्मेवार हुन्छ। घातक रूपान्तरण प्रक्रियामा, जीनोमिक उत्परिवर्तनले ओन्कोजीन गतिविधिको वृद्धि र ओन्कोसप्रेसर जीन गतिविधिको कमी वा हानि निम्त्याउँछ।
सानो भिन्नता र संरचनात्मक भिन्नता। यी जीनोममा उत्परिवर्तनका दुई मुख्य प्रकार हुन्। साना भिन्नताहरूले आधार सम्मिलन, मेटाउने, फ्रेमशिफ्ट, कोडन हानि सुरु गर्ने, कोडन हानि उत्परिवर्तन रोक्ने, आदि सहित थोरै संख्यामा आधारहरू परिवर्तन गरेर, मेटाएर वा थपेर DNA परिवर्तन गर्छन्। संरचनात्मक भिन्नता भनेको ठूलो जीनोम पुनर्संरचना हो, जसमा केही हजार आधारहरूदेखि क्रोमोजोमको बहुमतसम्म आकारमा जीन खण्डहरू समावेश हुन्छन्, जसमा जीन प्रतिलिपि संख्या परिवर्तनहरू, क्रोमोजोम मेटाउने, डुप्लिकेशन, इन्भर्सन वा ट्रान्सलोकेशन समावेश छन्। यी उत्परिवर्तनहरूले प्रोटीन प्रकार्यमा कमी वा वृद्धि निम्त्याउन सक्छ। व्यक्तिगत जीनको स्तरमा परिवर्तनहरूको अतिरिक्त, जीनोमिक हस्ताक्षरहरू पनि क्लिनिकल अनुक्रमण रिपोर्टहरूको भाग हुन्। जीनोमिक हस्ताक्षरहरूलाई ट्युमर उत्परिवर्तन लोड (TMB), माइक्रोस्याटेलाइट अस्थिरता (MSI), र समरूप पुनर्संयोजन दोषहरू सहित साना र/वा संरचनात्मक भिन्नताहरूको जटिल ढाँचाको रूपमा देख्न सकिन्छ।

क्लोनल उत्परिवर्तन र सबक्लोनल उत्परिवर्तन। क्लोनल उत्परिवर्तनहरू सबै ट्यूमर कोषहरूमा उपस्थित हुन्छन्, निदानको समयमा उपस्थित हुन्छन्, र उपचार प्रगति पछि पनि उपस्थित रहन्छन्। त्यसकारण, क्लोनल उत्परिवर्तनहरू ट्यूमर उपचारात्मक लक्ष्यको रूपमा प्रयोग गर्ने सम्भावना हुन्छ। सबक्लोनल उत्परिवर्तनहरू क्यान्सर कोषहरूको केवल एक उपसमूहमा उपस्थित हुन्छन् र निदानको सुरुमा पत्ता लगाउन सकिन्छ, तर पछि पुनरावृत्तिसँगै गायब हुन्छन् वा उपचार पछि मात्र देखा पर्दछन्। क्यान्सर विषमताले एउटै क्यान्सरमा धेरै उपक्लोनल उत्परिवर्तनहरूको उपस्थितिलाई जनाउँछ। उल्लेखनीय रूपमा, सबै सामान्य क्यान्सर प्रजातिहरूमा क्लिनिकली रूपमा महत्त्वपूर्ण चालक उत्परिवर्तनहरूको विशाल बहुमत क्लोनल उत्परिवर्तनहरू हुन् र क्यान्सर प्रगतिभरि स्थिर रहन्छन्। प्रतिरोध, जुन प्रायः सबक्लोनहरू द्वारा मध्यस्थता गरिन्छ, निदानको समयमा पत्ता नलाग्न सक्छ तर उपचार पछि पुनरावृत्ति हुँदा देखा पर्दछ।

परम्परागत प्रविधि FISH वा सेल क्यारियोटाइप क्रोमोसोमल स्तरमा परिवर्तनहरू पत्ता लगाउन प्रयोग गरिन्छ। FISH जीन फ्युजन, मेटाउने र प्रवर्धन पत्ता लगाउन प्रयोग गर्न सकिन्छ, र उच्च शुद्धता र संवेदनशीलता तर सीमित थ्रुपुटको साथ त्यस्ता भेरियन्टहरू पत्ता लगाउनको लागि "सुनको मानक" मानिन्छ। केही हेमेटोलोजिक घातक रोगहरूमा, विशेष गरी तीव्र ल्युकेमियामा, निदान र रोगनिदानलाई मार्गदर्शन गर्न क्यारियोटाइपिङ अझै पनि प्रयोग गरिन्छ, तर यो प्रविधि बिस्तारै FISH, WGS, र NGS जस्ता लक्षित आणविक परीक्षणहरू द्वारा प्रतिस्थापन भइरहेको छ।
व्यक्तिगत जीनमा हुने परिवर्तनहरू PCR, वास्तविक-समय PCR र डिजिटल ड्रप PCR दुवैद्वारा पत्ता लगाउन सकिन्छ। यी प्रविधिहरूमा उच्च संवेदनशीलता छ, विशेष गरी साना अवशिष्ट घावहरूको पत्ता लगाउन र निगरानीको लागि उपयुक्त छन्, र अपेक्षाकृत छोटो समयमा परिणामहरू प्राप्त गर्न सक्छन्, बेफाइदा यो हो कि पत्ता लगाउने दायरा सीमित छ (सामान्यतया केवल एक वा केही जीनहरूमा उत्परिवर्तनहरू पत्ता लगाउनुहोस्), र धेरै परीक्षणहरूको क्षमता सीमित छ।
इम्युनोहिस्टोकेमिस्ट्री (IHC) एक प्रोटीन-आधारित अनुगमन उपकरण हो जुन सामान्यतया ERBB2 (HER2) र एस्ट्रोजेन रिसेप्टरहरू जस्ता बायोमार्करहरूको अभिव्यक्ति पत्ता लगाउन प्रयोग गरिन्छ। IHC लाई विशिष्ट उत्परिवर्तित प्रोटीनहरू (जस्तै BRAF V600E) र विशिष्ट जीन फ्यूजनहरू (जस्तै ALK फ्यूजनहरू) पत्ता लगाउन पनि प्रयोग गर्न सकिन्छ। IHC को फाइदा यो हो कि यसलाई नियमित तन्तु विश्लेषण प्रक्रियामा सजिलै एकीकृत गर्न सकिन्छ, त्यसैले यसलाई अन्य परीक्षणहरूसँग जोड्न सकिन्छ। थप रूपमा, IHC ले सबसेलुलर प्रोटीन स्थानीयकरणको बारेमा जानकारी प्रदान गर्न सक्छ। बेफाइदाहरू सीमित स्केलेबिलिटी र उच्च संगठनात्मक मागहरू हुन्।
दोस्रो पुस्ताको सिक्वेन्सिङ (NGS) NGS ले DNA र/वा RNA स्तरमा भिन्नताहरू पत्ता लगाउन उच्च-थ्रुपुट समानान्तर सिक्वेन्सिङ प्रविधिहरू प्रयोग गर्दछ। यो प्रविधि सम्पूर्ण जीनोम (WGS) र रुचिको जीन क्षेत्रहरू दुवैलाई अनुक्रमित गर्न प्रयोग गर्न सकिन्छ। WGS ले सबैभन्दा व्यापक जीनोमिक उत्परिवर्तन जानकारी प्रदान गर्दछ, तर यसको क्लिनिकल प्रयोगमा धेरै अवरोधहरू छन्, जसमा ताजा ट्युमर तन्तु नमूनाहरूको आवश्यकता (WGS अझै फर्मालिन-अचल नमूनाहरूको विश्लेषणको लागि उपयुक्त छैन) र उच्च लागत समावेश छ।
लक्षित NGS सिक्वेन्सिङमा सम्पूर्ण एक्सोन सिक्वेन्सिङ र लक्षित जीन प्यानल समावेश हुन्छन्। यी परीक्षणहरूले DNA प्रोब वा PCR प्रवर्धनद्वारा रुचि भएका क्षेत्रहरूलाई समृद्ध बनाउँछन्, जसले गर्दा आवश्यक अनुक्रमणको मात्रा सीमित हुन्छ (सम्पूर्ण एक्सोमले जीनोमको १ देखि २ प्रतिशत बनाउँछ, र ५०० जीनहरू भएका ठूला प्यानलहरूले पनि जीनोमको ०.१ प्रतिशत मात्र बनाउँछन्)। यद्यपि सम्पूर्ण एक्सोन सिक्वेन्सिङले फर्मालिन-फिक्स्ड तन्तुहरूमा राम्रो प्रदर्शन गर्छ, यसको लागत उच्च रहन्छ। लक्षित जीन संयोजनहरू अपेक्षाकृत किफायती छन् र परीक्षण गर्न जीनहरू चयन गर्न लचिलोपनलाई अनुमति दिन्छन्। थप रूपमा, परिसंचरण मुक्त DNA (cfDNA) क्यान्सर बिरामीहरूको जीनोमिक विश्लेषणको लागि नयाँ विकल्पको रूपमा देखा पर्दैछ, जसलाई तरल बायोप्सी भनिन्छ। क्यान्सर कोषहरू र सामान्य कोषहरू दुवैले रक्तप्रवाहमा DNA छोड्न सक्छन्, र क्यान्सर कोषहरूबाट निस्कने DNA लाई परिसंचरण ट्यूमर DNA (ctDNA) भनिन्छ, जसलाई ट्यूमर कोषहरूमा सम्भावित उत्परिवर्तनहरू पत्ता लगाउन विश्लेषण गर्न सकिन्छ।
परीक्षणको छनोट सम्बोधन गर्नुपर्ने विशिष्ट क्लिनिकल समस्यामा निर्भर गर्दछ। अनुमोदित उपचारहरूसँग सम्बन्धित अधिकांश बायोमार्करहरू FISH, IHC, र PCR प्रविधिहरूद्वारा पत्ता लगाउन सकिन्छ। यी विधिहरू थोरै मात्रामा बायोमार्करहरू पत्ता लगाउनको लागि उचित छन्, तर तिनीहरूले बढ्दो थ्रुपुटको साथ पत्ता लगाउने दक्षतामा सुधार गर्दैनन्, र यदि धेरै बायोमार्करहरू पत्ता लगाइएमा, पत्ता लगाउनको लागि पर्याप्त तन्तु नहुन सक्छ। केही विशिष्ट क्यान्सरहरूमा, जस्तै फोक्सोको क्यान्सर, जहाँ तन्तु नमूनाहरू प्राप्त गर्न गाह्रो हुन्छ र परीक्षण गर्न धेरै बायोमार्करहरू हुन्छन्, NGS प्रयोग गर्नु राम्रो विकल्प हो। निष्कर्षमा, परखको छनोट प्रत्येक बिरामीको लागि परीक्षण गरिने बायोमार्करहरूको संख्या र बायोमार्करको लागि परीक्षण गरिने बिरामीहरूको संख्यामा निर्भर गर्दछ। केही अवस्थामा, IHC/FISH को प्रयोग पर्याप्त हुन्छ, विशेष गरी जब लक्ष्य पहिचान गरिएको हुन्छ, जस्तै स्तन क्यान्सरका बिरामीहरूमा एस्ट्रोजेन रिसेप्टरहरू, प्रोजेस्टेरोन रिसेप्टरहरू, र ERBB2 को पत्ता लगाउने। यदि जीनोमिक उत्परिवर्तनहरूको थप व्यापक अन्वेषण र सम्भावित चिकित्सीय लक्ष्यहरूको खोजी आवश्यक छ भने, NGS अधिक व्यवस्थित र लागत-प्रभावी हुन्छ। यसको अतिरिक्त, IHC/FISH नतिजाहरू अस्पष्ट वा अनिर्णीत भएका अवस्थामा NGS लाई विचार गर्न सकिन्छ।

विभिन्न दिशानिर्देशहरूले कुन बिरामीहरू आनुवंशिक परीक्षणको लागि योग्य हुनुपर्छ भन्ने बारेमा मार्गदर्शन दिन्छन्। २०२० मा, ESMO प्रेसिजन मेडिसिन वर्किंग ग्रुपले उन्नत क्यान्सर भएका बिरामीहरूको लागि पहिलो NGS परीक्षण सिफारिसहरू जारी गर्‍यो, उन्नत गैर-स्क्वामस गैर-सानो कोशिका फोक्सोको क्यान्सर, प्रोस्टेट क्यान्सर, कोलोरेक्टल क्यान्सर, पित्त नली क्यान्सर, र डिम्बग्रंथि क्यान्सर ट्यूमर नमूनाहरूको लागि नियमित NGS परीक्षण सिफारिस गर्‍यो, र २०२४ मा, ESMO ले यस आधारमा अद्यावधिक गर्‍यो, स्तन क्यान्सर र दुर्लभ ट्यूमरहरू समावेश गर्न सिफारिस गर्‍यो। जस्तै ग्यास्ट्रोइंटेस्टाइनल स्ट्रोमल ट्यूमर, सार्कोमा, थाइरोइड क्यान्सर र अज्ञात उत्पत्तिको क्यान्सर।
२०२२ मा, मेटास्टेटिक वा उन्नत क्यान्सर भएका बिरामीहरूमा सोमाटिक जीनोम परीक्षणमा ASCO को क्लिनिकल ओपिनियनले बताउँछ कि यदि मेटास्टेटिक वा उन्नत ठोस ट्युमर भएका बिरामीहरूमा बायोमार्कर सम्बन्धित थेरापी स्वीकृत गरिएको छ भने, यी बिरामीहरूको लागि आनुवंशिक परीक्षण सिफारिस गरिन्छ। उदाहरणका लागि, BRAF V600E उत्परिवर्तनहरूको लागि स्क्रिन गर्न मेटास्टेटिक मेलानोमा भएका बिरामीहरूमा जीनोमिक परीक्षण गरिनुपर्छ, किनकि RAF र MEK अवरोधकहरू यस संकेतको लागि अनुमोदित छन्। थप रूपमा, यदि बिरामीलाई दिइने औषधिको लागि प्रतिरोधको स्पष्ट मार्कर छ भने आनुवंशिक परीक्षण पनि गरिनुपर्छ। उदाहरणका लागि, Egfrmab, KRAS उत्परिवर्ती कोलोरेक्टल क्यान्सरमा अप्रभावी छ। जीन अनुक्रमणको लागि बिरामीको उपयुक्ततालाई विचार गर्दा, बिरामीको शारीरिक स्थिति, सह-रोग, र ट्युमर चरणलाई एकीकृत गरिनुपर्छ, किनभने जीनोम अनुक्रमणको लागि आवश्यक चरणहरूको श्रृंखला, बिरामीको सहमति, प्रयोगशाला प्रशोधन, र अनुक्रमण परिणामहरूको विश्लेषण सहित, बिरामीलाई पर्याप्त शारीरिक क्षमता र आयु प्रत्याशा चाहिन्छ।
सोमाटिक उत्परिवर्तनका अतिरिक्त, केही क्यान्सरहरूको जर्मलाइन जीनको लागि पनि परीक्षण गर्नुपर्छ। जर्मलाइन उत्परिवर्तनको परीक्षणले स्तन, डिम्बग्रंथि, प्रोस्टेट, र प्यान्क्रियाटिक क्यान्सरहरूमा BRCA1 र BRCA2 उत्परिवर्तन जस्ता क्यान्सरहरूको उपचार निर्णयहरूलाई प्रभाव पार्न सक्छ। जर्मलाइन उत्परिवर्तनको भविष्यमा बिरामीहरूमा क्यान्सर स्क्रिनिङ र रोकथामको लागि पनि प्रभाव पार्न सक्छ। जर्मलाइन उत्परिवर्तनको परीक्षणको लागि सम्भावित रूपमा उपयुक्त बिरामीहरूले निश्चित अवस्थाहरू पूरा गर्न आवश्यक छ, जसमा क्यान्सरको पारिवारिक इतिहास, निदानको उमेर, र क्यान्सरको प्रकार जस्ता कारकहरू समावेश छन्। यद्यपि, जर्मलाइनमा रोगजनक उत्परिवर्तन बोकेका धेरै बिरामीहरू (५०% सम्म) ले पारिवारिक इतिहासको आधारमा जर्मलाइन उत्परिवर्तनको परीक्षणको लागि परम्परागत मापदण्ड पूरा गर्दैनन्। त्यसकारण, उत्परिवर्तन वाहकहरूको पहिचान अधिकतम बनाउन, राष्ट्रिय व्यापक क्यान्सर नेटवर्क (NCCN) ले स्तन, डिम्बग्रंथि, एन्डोमेट्रियल, प्यान्क्रियाटिक, कोलोरेक्टल, वा प्रोस्टेट क्यान्सर भएका सबै वा धेरैजसो बिरामीहरूलाई जर्मलाइन उत्परिवर्तनको लागि परीक्षण गर्न सिफारिस गर्दछ।
आनुवंशिक परीक्षणको समयको सन्दर्भमा, किनभने धेरैजसो क्लिनिकली महत्त्वपूर्ण चालक उत्परिवर्तनहरू क्यान्सर प्रगतिको क्रममा क्लोनल र अपेक्षाकृत स्थिर हुन्छन्, उन्नत क्यान्सरको निदानको समयमा बिरामीहरूमा आनुवंशिक परीक्षण गर्नु उचित हुन्छ। पछिको आनुवंशिक परीक्षणको लागि, विशेष गरी आणविक लक्षित थेरापी पछि, ctDNA परीक्षण ट्युमर टिस्यु DNA भन्दा बढी फाइदाजनक हुन्छ, किनभने रगत DNA मा सबै ट्युमर घावहरूबाट DNA हुन सक्छ, जुन ट्युमर विषमताको बारेमा जानकारी प्राप्त गर्न बढी अनुकूल हुन्छ।
उपचार पछि ctDNA को विश्लेषणले उपचारमा ट्युमर प्रतिक्रियाको भविष्यवाणी गर्न र मानक इमेजिङ विधिहरू भन्दा पहिले रोगको प्रगति पहिचान गर्न सक्षम हुन सक्छ। यद्यपि, उपचार निर्णयहरूलाई मार्गदर्शन गर्न यी डेटा प्रयोग गर्ने प्रोटोकलहरू स्थापित भएका छैनन्, र क्लिनिकल परीक्षणहरूमा बाहेक ctDNA विश्लेषण सिफारिस गरिएको छैन। कट्टरपन्थी ट्युमर शल्यक्रिया पछि साना अवशिष्ट घावहरूको मूल्याङ्कन गर्न ctDNA पनि प्रयोग गर्न सकिन्छ। शल्यक्रिया पछि ctDNA परीक्षण पछिको रोग प्रगतिको बलियो भविष्यसूचक हो र बिरामीले सहायक केमोथेरापीबाट लाभ उठाउनेछ कि छैन भनेर निर्धारण गर्न मद्दत गर्न सक्छ, तर सहायक केमोथेरापी निर्णयहरूलाई मार्गदर्शन गर्न क्लिनिकल परीक्षणहरू बाहिर ctDNA प्रयोग गर्न अझै पनि सिफारिस गरिएको छैन।

डेटा प्रशोधन जीनोम अनुक्रमणको पहिलो चरण भनेको बिरामीको नमूनाबाट डीएनए निकाल्नु, पुस्तकालयहरू तयार गर्नु र कच्चा अनुक्रमण डेटा उत्पन्न गर्नु हो। कच्चा डेटालाई थप प्रशोधन आवश्यक पर्दछ, जसमा कम-गुणस्तरको डेटा फिल्टर गर्ने, सन्दर्भ जीनोमसँग तुलना गर्ने, विभिन्न विश्लेषणात्मक एल्गोरिदमहरू मार्फत विभिन्न प्रकारका उत्परिवर्तनहरू पहिचान गर्ने, प्रोटीन अनुवादमा यी उत्परिवर्तनहरूको प्रभाव निर्धारण गर्ने, र जर्म लाइन उत्परिवर्तनहरू फिल्टर गर्ने समावेश छ।
ड्राइभर जीन एनोटेसनलाई ड्राइभर र यात्रु उत्परिवर्तनहरू छुट्याउन डिजाइन गरिएको हो। ड्राइभर उत्परिवर्तनहरूले ट्युमर सप्रेसर जीन गतिविधिको हानि वा वृद्धि निम्त्याउँछ। ट्युमर सप्रेसर जीनको निष्क्रियता निम्त्याउने साना भेरियन्टहरूमा बकवास उत्परिवर्तन, फ्रेमशिफ्ट उत्परिवर्तन, र कुञ्जी स्प्लिसिङ साइट उत्परिवर्तनहरू, साथै कम बारम्बार सुरु कोडन मेटाउने, कोडन मेटाउने रोक्ने, र इन्ट्रोन सम्मिलन/मेटाउने उत्परिवर्तनको विस्तृत दायरा समावेश छ। थप रूपमा, मिसेन्स उत्परिवर्तन र सानो इन्ट्रोन सम्मिलन/मेटाउने उत्परिवर्तनहरूले महत्त्वपूर्ण कार्यात्मक डोमेनहरूलाई असर गर्दा ट्युमर सप्रेसर जीन गतिविधिको हानि निम्त्याउन पनि सक्छ। ट्युमर सप्रेसर जीन गतिविधिको हानि निम्त्याउने संरचनात्मक भेरियन्टहरूमा आंशिक वा पूर्ण जीन मेटाउने र जीन पढ्ने फ्रेमको विनाश निम्त्याउने अन्य जीनोमिक भेरियन्टहरू समावेश छन्। ओन्कोजीनको बृद्धि गरिएको कार्य निम्त्याउने साना भेरियन्टहरूमा मिसेन्स उत्परिवर्तन र कहिलेकाहीं इन्ट्रोन सम्मिलन/मेटाउने समावेश छन् जसले महत्त्वपूर्ण प्रोटीन कार्यात्मक डोमेनहरूलाई लक्षित गर्दछ। दुर्लभ अवस्थामा, प्रोटीन ट्रंकेशन वा स्प्लिसिङ साइट उत्परिवर्तनहरूले ओन्कोजीनको सक्रियता निम्त्याउन सक्छ। ओन्कोजीन सक्रियता निम्त्याउने संरचनात्मक भिन्नताहरूमा जीन फ्युजन, जीन मेटाउने, र जीन डुप्लिकेशन समावेश छन्।
जीनोमिक भिन्नताको क्लिनिकल व्याख्याले पहिचान गरिएका उत्परिवर्तनहरूको क्लिनिकल महत्त्वको मूल्याङ्कन गर्दछ, अर्थात् तिनीहरूको सम्भावित निदान, भविष्यसूचक, वा चिकित्सीय मूल्य। जीनोमिक भिन्नताको क्लिनिकल व्याख्यालाई मार्गदर्शन गर्न प्रयोग गर्न सकिने धेरै प्रमाण-आधारित ग्रेडिङ प्रणालीहरू छन्।
मेमोरियल स्लोन-केटरिङ क्यान्सर सेन्टरको प्रेसिजन मेडिसिन ओन्कोलोजी डाटाबेस (ओन्कोकेबी) ले औषधि प्रयोगको लागि तिनीहरूको भविष्यवाणी मूल्यको आधारमा जीन भेरियन्टहरूलाई चार स्तरमा वर्गीकृत गर्दछ: स्तर १/२, FDA-अनुमोदित, वा क्लिनिकली-मानक बायोमार्करहरू जसले अनुमोदित औषधिको लागि विशिष्ट संकेतको प्रतिक्रियाको भविष्यवाणी गर्दछ; स्तर ३, FDA-अनुमोदित वा गैर-अनुमोदित बायोमार्करहरू जसले क्लिनिकल परीक्षणहरूमा आशाजनक देखाएको उपन्यास लक्षित औषधिहरूको प्रतिक्रियाको भविष्यवाणी गर्दछ, र स्तर ४, गैर-FDA-अनुमोदित बायोमार्करहरू जसले उपन्यास लक्षित औषधिहरूको प्रतिक्रियाको भविष्यवाणी गर्दछ जसले क्लिनिकल परीक्षणहरूमा विश्वस्त जैविक प्रमाण देखाएको छ। उपचार प्रतिरोधसँग सम्बन्धित पाँचौं उपसमूह थपियो।
अमेरिकन सोसाइटी फर मोलिक्युलर प्याथोलोजी (AMP)/अमेरिकन सोसाइटी अफ क्लिनिकल ओन्कोलोजी (ASCO)/कलेज अफ अमेरिकन प्याथोलोजिस्ट (CAP) को सोमाटिक भिन्नताको व्याख्याको दिशानिर्देशहरूले सोमाटिक भिन्नतालाई चार वर्गमा विभाजन गर्दछ: बलियो क्लिनिकल महत्त्वको साथ ग्रेड I; सम्भावित क्लिनिकल महत्त्वको साथ ग्रेड II; ग्रेड III, क्लिनिकल महत्त्व अज्ञात; ग्रेड IV, क्लिनिकल रूपमा महत्त्वपूर्ण नभएको। उपचार निर्णयहरूको लागि ग्रेड I र II भेरियन्टहरू मात्र मूल्यवान छन्।
ESMO को आणविक लक्ष्य क्लिनिकल अपरेबिलिटी स्केल (ESCAT) ले जीन भेरियन्टहरूलाई छ तहमा वर्गीकृत गर्दछ: स्तर I, नियमित प्रयोगको लागि उपयुक्त लक्ष्यहरू; चरण II, एक लक्ष्य जुन अझै अध्ययन भइरहेको छ, लक्षित औषधिबाट लाभ उठाउन सक्ने बिरामी जनसंख्याको स्क्रिनिङ गर्न प्रयोग हुने सम्भावना छ, तर यसलाई समर्थन गर्न थप डेटा आवश्यक छ। ग्रेड III, लक्षित जीन भेरियन्टहरू जसले अन्य क्यान्सर प्रजातिहरूमा क्लिनिकल लाभ प्रदर्शन गरेका छन्; ग्रेड IV, केवल प्रिक्लिनिकल प्रमाणहरू द्वारा समर्थित लक्षित जीन भेरियन्टहरू; ग्रेड V मा, उत्परिवर्तनलाई लक्षित गर्ने क्लिनिकल महत्त्वलाई समर्थन गर्ने प्रमाणहरू छन्, तर लक्ष्य विरुद्ध एकल-औषधि थेरापीले बाँच्नको लागि विस्तार गर्दैन, वा संयोजन उपचार रणनीति अपनाउन सकिन्छ; ग्रेड X, क्लिनिकल मूल्यको अभाव।